三方权责不清晰。 人力资源外包公司与要派遣方之间签订的是派遣服务合同，建立的是劳动力派遣契约关系，即人力资源外包机构与要派单位签订的关于派遣机构受要派单位委托提供劳动管理服务，要派单位向人力资源外包机构支付服务费和承诺给受派员工提供劳动条件的协议；派遣方与派遣劳动者之间签订的是劳动合同，建立的是劳动关系，即派遣员工与派遣机构签订的用工合同，建立的是指挥与劳务提供关系，即派遣员工与要派单位签订的关于劳动过程中相互权利义务的协议。以上三种合同，派遣服务合同属于民事劳务合同，并不确立劳动关系，只是确定另两种关系的纽带。其中，劳动合同约定的劳动条件不得低于派遣服务合同约定的标准，用工合同约定的劳动条件不得低于派遣服务合同和劳动合同约定的标准。 人力资源外包机构缺乏科学准入门槛。 同工不同酬人力资源外包的社会风险很大，派遣机构的实力和信誉对人力资源外包的秩序和效果至关重要，因此，应当对派遣机构的资格实行严格管理。其一，应当明确规定人力资源外包机构设立条件。包括：有符合企业法人设立的条件；具有一定数量的专业技能达到一定等级的从业人员；有健全的管理制度；有不低于法定数额的风险担保金；注册资金不低于法定金额。对于人力资源外包公司专业人员的任职条件和资格认证，以及风险担保金的数额标准、财务管理等应当建立专项制度，并由国家作出专门规定。其二，应当明确人力资源外包公司实行许可审批制度。只有取得人力资源外包许可证后，经工商行政部门登记注册，方可营业。 派遣员工权益保护问题。 因为在“两种契约、三方当事人”的运作框架下，劳动者往往成为弱者或信息不对称的受损者。这就不排除在劳动力市场明显供大于求的情况下，人力资源外包公司和用人单位有可能采取“共谋行为”，联手对劳动者造成伤害，如出现就业歧视，同工不同酬，加班、工伤、保险费用没有保障和工作不稳定等问题。

目前，劳动派遣作为新时代社会新兴的用工方式，还未能得到政府有效的监管。在缺乏规范的情况下，人力资源外包在运作中暴露出以下几个方面的问题： 经营地位不明确人力资源外包机构从事的是一种特殊的劳务经济，其经营的业务还没有法律的明确规定，这给人力资源外包企业开展业务造成很大影响：企业无法按业务内容进行登记注册；如何核算人力资源外包企业的收入，依据什么税法，目前没有规定。 经营资质没有审批由于经营地位不明确，目前还没有专门的部门对其经营资质和经营业务进行审批，可能造成盲目发展的局面。 混业经营问题从调查的情况看，很少有纯粹的人力资源外包组织，大多是以劳务承包或劳务中介为主，兼营人力资源外包。 企业使用人力资源外包型工作的规模和岗位缺乏规范目前，人力资源外包被许多企业广泛用于各种可能的岗位。有一些比较正规的企业根据自身的需要合理地安排本企业人力资源外包型工作的规模，并对人力资源外包进行严格管理。它们制定专门的劳务用工管理规定，对人力资源外包三方的职责、派遣员工的培训、考核、劳务费的发放原则和标准、以及派遣员工参加工会和党团活动等作出明确规定。合理的用工规模和严格的管理，使得人力资源外包成为企业的一种有机的用工形式。企业通过建立末位淘汰制、将空出的固定岗位让给派遣员工、把不合适的人员转为劳务工的方式，使企业用工机制更灵活，使人力资源外包成为帮助企业进行经济结构调整和用工制度改革的有效途径，从根本上节约了经营成本，提高了经济效率。 而另外有一些企业为了降低用工成本，借人力资源外包的名义，大规模裁员。人力资源外包还使一些企业减少或不用固定职工。如上海市嘉定区某高新企业就已经不设人事部门，也不再为职工开设养老金帐户，企业只将一定数额的费用支付给人才服务中心，职工档案保管、社会保险等有关人事工作就都交给了人才服务中心。 人力资源外包三方的权益缺乏保障目前，凡是从事人力资源外包的，一般都能作到以下几点：人力资源外包机构与用人单位都签订有人力资源外包协议书，人力资源外包机构与部分劳动者签订有劳动合同，实行行业自律规范。但是，由于我国劳动保障的总体法制还不健全，使得人力资源外包在实际运作中无法可依、无章可循，导致出现以下问题：一是各派遣机构在具体协议内容和标准上做法不一，二是一些责任问题没有解决办法，三是发生争议也无法解决。结果，人力资源外包机构、用人单位和劳动者的权益都无法完全得到保障